Pracovníci oddelenia sa vo svojej vedeckej práci zaoberajú ekológiou vodných tokov od úrovne ekosystému, cez spoločenstvá až po populácie, pričom sa zameriavajú predovšetkým na hmyz a permanentnú faunu bentických makroskopických bezstavovcov (makroevertebrát).

Ťažiskom výskumu je predovšetkým vplyv rozličných typov antropických vplyvov (acidifikácia, spôsob využitia krajiny, odlesnenie, erózia, regulácia vodných tokov, znečistenie ap.) na ekosystémy vodných tokov.

Oddelenie aktuálne rieši tieto projekty: Obnova biodiverzity tropických lesných ekosystémov, Vplyv krajiny na ekosystémy tečúcich vôd, Vplyv dlhodobých zmien na riečne kontinuum (diskontinuum) veľkých slovenských riek, Život a voda - modelové aplikácie a námety k výučbe biológie na gymnáziách a Prirodzení nepriatelia, opeľovanie a prchavé organické zmesi vylučované parazitickými rastlinami rodov Orobanche a Phelipanche ako východiská pre biologickú reguláciu.