Vedecko-výskumná činnosť ústavu sa orientuje na štúdium faktorov virulencie kmeňov E. coli vo fenotype a na génovej úrovni, izolovaných od pacientov s nádorovými a zápalovými ochoreniami črevného traktu, ako aj od pacientov s mimočrevnými ochoreniami a hemolyticko-uremickým syndrómom. Pri vybraných rodoch enterobaktérií (Klebsiella, Enterobacter, Escherichia), izolovaných v nemocničnom prostredí, sa zisťuje rezistencia proti antibiotikám so zameraním na beta-laktamázy s rozšíreným spektrom.