Ústav patologickej fyziológie vznikol ako Katedra patologickej fyziológie a experimentálnej patológie v októbri 1948.

Výskum ústavu je zameraný na štúdium: a) vzniku a rozvoja chorôb, v molekulovej patogenéze ktorých sa uplatňujú mechanizmy oxidačného poškodenia (diabetes, obezita, kardiovaskulárne a nádorové ochorenia), a možnosti ovplyvnenia antioxidačných obranných mechanizmov, b) mechanizmu účinku reflexov z branchiogénnej oblasti a ich vplyvu na vegetatívne a kardiorespiračné funkcie ako aj ich aplikáciami v klinickej a experimentálnej praxi, c) alternatívnych metód (unicelulárne modelové organizmy a modelové systémy) ako náhrady pokusov na zvieratách s osobitným zameraním na štúdium patogenetických mechanizmov na bunkovej a molekulovej úrovniav patologickej fyziológie.