Ústav geografie, resp. jeho predchodkyňa Katedra geografie na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach existuje od roku 1998.

Na fakulte existuje Vnútorný vedecký grantový systém Prírodovedeckej fakulty UPJŠ pre mladých vedeckých pracovníkov (VVGS), kde boli úspešní mladší pracovníci ústavu. Okrem toho pracovníci ústavu kooperujú na projektoch z oblasti IKT a Európskeho sociálneho fondu.

Súčasťou výskumu Ústavu sú národné a medzinárodné projekty ako napr. Socioekonomicky a kultúrne podexponovaná rurálna krajina ako fenomén aktivizácie pre humánnu geografiu, Osobitosti geomorfologického vývoja východnej časti Slovenského krasu, Komplexná (fyzicko-humánna geografia) porovnávacia analýza krasových a nekrasových krajín z hľadiska moderného životného pohľadu.