Katedra geografie sa v rámci vedeckého programu orientuje na výskum dynamických aspektov geografických systémov. Rozpracováva ich na úrovni lokálnych, regionálnych a globálnych priestorových štruktúr. Výskum je zameraný nielen na geografické analýzy a syntézy ale aj na regionálny rozvoj.

Súčasťou výskumnej činnosti katedry je aj riešenie vedeckých projektov ako Cross-border research of the Great Morava core, Geomorfologický výskum Tatier ako východisko pre poznanie súčasných zmien vysokohorského prostriedia či Georeliéf a krajinná štruktúra.