Štruktúru fakulty tvoria ústavy: Ústav pedagogických vied a štúdií, Ústav špeciálnopedagogických štúdií, Ústav filologických štúdií, Ústav sociálnych štúdií a liečebnej pedagogiky, Ústav humanitných štúdií, Ústav umelecko-edukačných štúdií, Ústav psychologických a logopedických štúdií a katedry: Katedra anglického jazyka a literatúry, Katedra biológie, Katedra etickej a občianskej výchovy, Katedra histórie, Katedra hudobnej výchovy, Katedra liečebnej pedagogiky, Katedra logopédie, Katedra nemeckého jazyka a literatúry, Katedra pedagogiky a sociálnej pedagogiky, Katedra preprimarnej a primarnej edukacie, Katedra psychológie a patopsychológie, Katedra románskych jazykov a literatúr, Katedra slovenského jazyka a literatúry, Katedra sociálnej práce, Katedra špeciálnej pedagogiky, Katedra výtvarnej výchovy.