Strategickým cieľom fakulty je vybudovanie špičkovej vedecko-výskumnej a výchovno-vzdelávacej inštitúcie, ktorá by jednak spĺňala požiadavky praxe, dosahovala seriózne výsledky v oblasti vedy a výskumu a ktorej vzdelanie by bolo plne kompatibilné so vzdelaním podobných popredných inštitúcii vo svete.

Fakultu tvoria Katedra aplikovanej informatiky, Katedra matematiky, Katedra operačného výskumu a ekonometrie, Katedra štatistiky a Katedra účtovníctva a audítorstva.

Fakulta pripravuje budúcich ekonómov orientovaných na prácu so všetkými druhmi sociálnych a ekonomických informácií, spojenú s ich získavaním, spracúvaním, kontrolou a vytváraním informačných systémov, schopných implementovať tieto informácie do ekonomických systémov pri analýze dosiahnutých výsledkov v sociálnej a ekonomickej sfére, ale hlavne pri príprave sociálnych a ekonomických stratégií, rozhodovaní o variantoch možných riešení a pri vypracúvaní prognóz.

Fakulta hospodárskej informatiky participuje na vydávaní dvoch vedeckých časopisov: Ekonomika a informatika a Management Information Systems.