Priority vo výskume sú zamerané na rôzne metódy genetického hodnotenia významných znakov a vlastností hospodárskych zvierat, šľachtenie hospodárskych zvierat, odhad plemenných hodnôt a hodnotenie genetickej diverzity plemien hospodárskych zvierat.
 K významným tematickým oblastiam patrí:

• genetické hodnotenie priamych a nepriamych úžitkových vlastností hovädzieho dobytka a koní na úrovni DNA analýz a na úrovni odhadu plemenných hodnôt s praktickým využitím v národnom a medzinárodnom genetickom hodnotení, úprava existujúcich a návrh nových selekčných indexov hovädzieho dobytka,
• tvorbu optimalizovaných markerových panelov pre ekonomicky významné znaky slúžiace pre selekciu zvierat,
• hodnotenie zdrojov genetickej a negenetickej premenlivosti produkčných, reprodukčných a funkčných vlastností hospodárskych zvierat,
• identifikácia stupňov ohrozenia populácií hospodárskych zvierat, hodnotenie diverzity populácií, genetické a ekonomické optimalizovanie stratégie dlhodobého rozvoja populácií, ktoré sú v riziku ohrozenia.