Ministerstvo zriadilo Inovačný fond, ktorý je na báze návratného financovania.

Prostredníctvom neho podporuje aktivity, ktorých výsledkom sú inovatívne výrobky a služby s vyššou pridanou hodnotou s potenciálom uplatniť sa na domácom, európskom či svetovom trhu.

Ministerstvo realizuje opatrenia inovačnej politiky delené na základe troch priorít vyplývajúcich z Inovačnej stratégie SR na obdobie 2007 až 2013:

• Vysoko kvalitná infraštruktúra a efektívny systém pre rozvoj inovácií (napr. podpora klastrov, budovanie povedomia o inováciách, čerpanie zdrojov z komunitárnych programov EÚ na podporu inovácií).                      
• Kvalitné ľudské zdroje (napr. vzdelávanie MSP v oblasti inovácií).
• Účinné nástroje pre inovácie (napr. podpora inovačných aktivít v MSP, nástroje finančného inžinierstva, inovačné vouchery, ochrana duševného vlastníctva).

Rezort tiež organizuje súťaž Inovatívny čin roka v štyroch kategóriách – výrobková inovácia, technologická inovácia, inovácia služby a medzinárodná kooperácia.